اهداف کلی این مرکز شامل اجرای پژوهش های همه گیرشناسی بیماری های مغز و اعصاب، اجرای پژوهش های بالینی در زمینه بیماری های مغز و اعصاب، اجرای پژوهش های پایه در زمینه بیماری های مغز و اعصاب، ایجاد و گسترش همکاری های علمی در سطح ملی و بین المللی و آموزش و توانمندسازی پژوهشگران جوان در زمینه بیماری های مغز و اعصاب است.

در راستای اجرای پژوهش های بالینی، این مرکز مطالعات خود را بر بیماری های مختلف مغز و اعصاب مانند سکته مغزی، لخته خون سینوس سیاهرگی مغز، مالتیپل اسکلروزیس(MS)، زوال عقل(Dementia) و پارکینسون متمرکز کرده است.